Student voor analyse transcriptoom data (RNAseq) i.r.t. lange-termijn uitkomsten na sepsis

Werkomgeving

Sepsis komt veel voor, is potentieel dodelijk en toch een vrij onbekende aandoening. Circa één op de vijftig ziekenhuisopnames is vanwege sepsis, waarbij circa één op de vijf komt te overlijden in het ziekenhuis. Patiënten die sepsis overleven krijgen vaak te maken met blijvende fysieke en mentale klachten, een grotere kans op hart- en vaatziekten en een hogere kans hieraan te overlijden. Wat deze lange termijn gevolgen precies veroorzaakt is nog onbekend en moeilijk te achterhalen. Er komt steeds meer aandacht voor het indelen van patiënten op basis van genexpressie patronen tijdens sepsis via transcriptoom analyse. We bepalen hiermee de complete set van RNA transcripten en op basis daarvan kunnen we patiënten in verschillende genexpressie profielen (moleculaire endotypes) indelen. De verschillende moleculaire endotypes zijn geassocieerd met een verschillend risico op IC-opname of overlijden tijdens sepsis. Het is echter niet bekend of deze moleculaire endotypes ook associëren met de uitkomsten op lange termijn, na ontslag uit het ziekenhuis.

We willen daarom RNA sequencing/transcriptoom data van sepsis patiënten analyseren, met als doel:

• inzicht krijgen in het genexpressie profiel van ons cohort van patiënten met sepsis;
• inzicht krijgen in de rol van de verschillende genexpressie profielen op de lange-termijn mortaliteit;
• koppelen van deze genexpressie profielen met kwaliteit van leven voor en na sepsis.

Functiebeschrijving

Je begint met een literatuuronderzoek naar de moleculaire endotypes van sepsis en het inventariseren van lange-termijn uitkomsten. Vervolgens onderzoek je met (reeds beschikbare) RNA sequencing data welk moleculair endotype tijdens sepsis associeert met kwaliteit van leven en sterfte op de lange-termijn na sepsis. De bevindingen willen we verwerken in een artikel voor een wetenschappelijke publicatie.

Wat vragen wij

• Een WO-Master opleiding zoals bio-informatica, medische of moleculaire biologie.
• Je kan omgaan met SPSS en R of bent bereid je hier in te verdiepen.
• Je beschikt over goede sociale en communicatieve vaardigheden die je naar gelang het contact op een correcte wijze gebruikt.
• Je bent creatief en hebt frisse ideeën, ook binnen gestelde kaders.
• Je beschikt over goede schriftelijke vaardigheden.
• Je bent ambitieus en wilt graag nieuwe dingen leren.

Wat bieden wij

• Stageovereenkomst met het UMCG.
• Goede begeleiding in het UMCG.
• Inbedding in het acute wetenschappelijke onderzoek (o.a. Acutelines).
• Wetenschappelijke werkomgeving.
• Nestor: een omgeving speciaal voor afstudeerders met informatie, links, tips & trics die je kunnen helpen tijdens je afstudeerperiode in het UMCG.

NB: Vanwege de COVID-19 situatie werk je grotendeels vanuit huis aan deze opdracht en voer je alleen in goed overleg met de opdrachtgever bepaalde taken in het UMCG uit.

Voor vragen over de functie